Mycenae Arvernenses:  Les Mycènes d'Auvergne et d'ailleurs

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Un diaporama de présentation des Mycènes d'Auvergne (70MO)

è     Méthodes d'étude

Voir plus bas pour une phylogénie des Mycena sl

 

Liste des espèces par sections :

 

 

Liste alphabétique des espèces :

 

 

Je suis preneur de photos et d'exsiccata d'espèces non représentées ici (contact).

I take photos and exsiccata of species not represented here (contact).

 

Phylogénie des Mycena sl.

 

Méthode: Pour construire cet arbre, j’ai extrait l’ensemble des séquences ITS disponibles dans les bases GenBank, Unite et Bold pour les genres Mycena et les genres alliés (soit plus de 2000 séquences). Pour chaque espèce, j’ai retenu deux séquences représentatives « REF », c’est-à-dire celles appartenant au clade où se trouve la majorité des séquences de l’espèce. Toutes les séquences disponibles pour les TYPES sont également incluses. Les séquences sont alignées à l’aide de l’algorithme ClustalW, puis l’arbre est construit en utilisant l’approche de « Maximum Likelihood » avec Mega11.

 

Method: To build this tree I extracted all the ITS sequences available in the GenBank, Unite and Bold databases for the genera Mycena and allies (>2000 sequences). For each species I selected two typical "REF" sequences, i.e. those belonging to the clade where the majority of the sequences of the species are present. All sequences available for the TYPES are also taken into account. The sequences are aligned according to the ClustalW algorithm and then the tree is constructed with the "Maximum Likelihood" hypothesis with Mega11.