Mycenae Arvernenses:  Les Mycènes d'Auvergne et d'ailleurs

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Un diaporama de présentation des Mycènes d'Auvergne (70MO)

è     Méthodes d'étude

Voir plus bas pour une phylogénie des Mycena sl

 

Liste des espèces par sections:

 

 

Liste alphabétique des espèces:

 

 

Je suis preneur de photos et d'exsiccata d'espèces non représentées ici (contact).

I take photos and exsiccata of species not represented here (contact).

 

Phylogénie des Mycena sl.

 

Méthode: pour construire cet arbre j’ai extrait l’ensemble des séquences ITS disponibles dans les bases GenBank, Unite et Bold pour les genres Mycena et alliés (soit >2000 séquences). Pour chaque espèces j’ai retenu deux séquences typiques « REF », c’est-à-dire celles appartenant au clade où la majorité des séquences de l’espèce sont présentes. Toutes les séquences disponibles pour les TYPES sont prises en compte également. Les séquences sont alignées selon l’algorithme ClustalW puis l’arbre est construit avec l’hypothèse du « Maximum Likelihood » avec Mega11.

 

Method: To build this tree I extracted all the ITS sequences available in the GenBank, Unite and Bold databases for the genera Mycena and allies (>2000 sequences). For each species I selected two typical "REF" sequences, i.e. those belonging to the clade where the majority of the sequences of the species are present. All sequences available for the TYPES are also taken into account. The sequences are aligned according to the ClustalW algorithm and then the tree is constructed with the "Maximum Likelihood" hypothesis with Mega11.